Selepas ianya diuji dengan semopurna, ianya dihantar ke Charleston, Carolina Selatan untuk mengawal sebuah pelabuhan, bagaimanapun pada 29 Ogos 1863 , ianya tenggelam bersama-sama 5 orang krewnya
Setelah dinaikkan kali ke darat buat kali ke tiga, kelengkapan kapal selam ini diubah suai dan krewnya juga telah dilatih dengan sebaiknya dan akhirnya ujian berjaya.
Selepas kejadian itu, krew lain telah di rekrkut untuk memulakan ujian keatas kapal selam itu yang telah dibuat semula, tetapi malangnya pada 15 Oktober 1863 kapal selam tersebut tidak dapat naik ke permukaan dan ianya menenggelamkan krew dengan kelemasan termasuklah penciptanya Horace Hunley yang mengetuai krew tersebut
Setelah dinaikkan kali ke darat buat kali ke tiga, kelengkapan kapal selam ini diubah suai dan krewnya juga telah dilatih dengan sebaiknya dan akhirnya ujian berjaya.